1. 产品概述
TruDeteck™ 是一种基于深度测序的新型细胞系及人鼠样品鉴定技术，旨在解决细胞系错标与污染的问题。该技术通过高精度的单核苷酸多态性（SNP）分析，提供全面的细胞系认证、污染检测和多物种交叉污染鉴定服务。TruDeteck™ 不仅适用于人源细胞系，还支持鼠源细胞系及其他常见物种的鉴定，确保研究的准确性和可靠性。
2. 产品特点
2.1 高精度的细胞系认证
· 200个人源SNP位点：可用于鉴定2000余种人源肿瘤细胞系。
· 400个鼠源SNP位点：可用于鉴定100余种常见鼠源肿瘤细胞系。
· 100组人鼠同源片段：用于精确定量人鼠混合样品（如PDX模型）中的人鼠百分比。
· 6段人源Y染色体片段：用于确定人源样品的性别。
2.2 污染检测与量化
· 支原体特有序列：可鉴定样品是否有支原体污染并量化污染百分比。
· 多种病毒的特有序列：可鉴定样品是否有常见病毒感染并量化污染百分比。
· 十余种其它物种特有序列：可鉴定样品是否受到其他常见物种（如仓鼠、大鼠）的污染。
2.3 高灵敏度与准确性
· 检测灵敏度：基于深度测序的SNP法检测灵敏度可达<1%，远高于传统STR法的5-20%。
· 精确识别杂质细胞系：不仅可以识别杂质细胞系，还可以量化污染比例。
· 动态监测混合细胞样品：可以动态监测多个混合细胞样品的组份比例，用于研究药物对不同细胞的差异化杀伤效果。
2.4 丰富的功能
· 建立标准SNP指纹库：可对任何人源样品库建立标准SNP指纹库，并进行后续鉴定。
· 计算遗传相似度：可计算同一细胞系不同样品间的遗传相似度并建立进化树，用于溯源分析。
· 确定遗传背景：可确定人源样品的遗传背景，例如种族信息。
· 确定性别：可确定人源样品的性别。
3. 技术原理
3.1 基于深度测序的SNP法
· SNP（单核苷酸多态性）：基因组中单个碱基对的变异，不同细胞系中具有独特的组合。
· 测序步骤：
i. DNA提取：从细胞系中提取DNA。
ii. PCR扩增：通过PCR扩增特定的SNP位点。
iii. 深度测序：使用NGS技术对特定的SNP位点进行检测和分析，获得每个位点的碱基信息和频率。
iv. 数据分析：将结果与数据库中的已知细胞系SNP指纹进行比对，确认细胞系身份或检测污染。
3.2 与传统STR法的对比
· STR（短串联重复序列）：
o 原理：基因组中短的、重复的DNA序列，每个细胞系的STR组合都是独特的。
o 步骤：提取DNA，通过PCR扩增特定的STR位点，电泳分离并检测扩增产物的长度，与数据库中的已知细胞系STR谱图进行比对。
o 局限性：STR多态性增加分析难度，影响细胞系的确认；检测灵敏度较低（5-20%）。
· SNP法：
o 优势：更高的灵敏度和准确性，可以识别杂质细胞系并量化污染比例；可以计算同一细胞系不同样品间的遗传相似度，建立进化树；可以确定遗传背景和性别。
4. 样品要求和检测流程
4.1 样品要求
· 动物组织：50mg组织样品，尽量剔除筋膜组织及坏死，液氮速冻。
· 细胞：10^6-5*10^6细胞离心去除培养基，预冷的PBS漂洗两遍，离心尽量去除上清，液氮速冻。
· 全血：500μL EDTA抗凝全血，4℃短期保存或-20℃长期保存。
· FFPE样品：FFPE蜡块或5μm FFPE蜡卷10-15张，常温保存。
· 口腔拭子：用口腔拭子在左侧和右侧口腔分别擦拭10次，保存在1ml PBS中。
4.2 检测流程
1. 核酸提取及质检：确保gDNA浓度≥100ng/μL，A260/A280≈1.8-2.0。
2. 文库构建及质检：使用自动化建库工作站，可同时操作96个样品。
3. 测序：高通量测序，pE150, 0.6Gb。
4. 数据分析及报告：标准化数据分析，定制化数据分析，生成详细的报告。
5. 应用场景
· 生物样本库管理：确保样本的真实性和质量，减少研究偏差。
· 药物研发：提高药物筛选和临床试验的准确性，加速新药开发。
· 基础研究：支持疾病机制研究、细胞生物学研究等，确保数据的可靠性。
· 个性化医疗：用于患者样本的精准鉴定，支持个性化治疗方案的制定。
6. 结论
TruDeteck™ 通过其高精度、高灵敏度和多功能的特点，为生物样本的认证和污染检测提供了全面的解决方案。无论是人源细胞系还是鼠源细胞系，TruDeteck™ 都能确保研究的准确性和可靠性，助力科学研究和药物开发的高效进行。